Aqua-Shiatsu findet hauptsächlich an der Wasseroberfläche statt. Die Person, mit der die Körperarbeit durchgeführt wird, erfährt ein mit der Atmung rhythmisch, koordiniertes Geschaukelt und Gehalten werden. Nach den einleitenden Basisbewegungen, die zwischen zehn bis 60 Minuten dauern können, wird der Körper zunehmend gedehnt, gedreht und in verschiedene Positionen gebracht. Hierbei wird die Haut massiert, bis der ganze Körper durchgearbeitet ist.

Neben der rein körperlichen Arbeit ist das Besondere an der Methode, dass man einem anderen Menschen durch das Gehalten und Getragen werden sehr nahe ist. Bei vorhandenem Vertrauen zu der aktiven Person, das zum Erfolg dieser Methode unbedingt notwendig ist, stellt sich im Laufe der Arbeit ein Gefühl der Geborgenheit und Entspannung ein. Wichtig: Eine Wassertemperatur von mindestens 33 Grad Celsius ist auch hier unbedingt erforderlich.